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Ser una institución de vanguardia, que cuente con programas de excelencia en sentido personal y académico, para la comunidad educativa, contribuyendo con ello a la formación integral de seres humanos, acorde a los nuevos desafíos y requerimientos de sustentabilidad e interdisciplina, de pensamiento holístico y complejo, permitiendo así potenciar las competencias de innovar y transformar los contextos sociales, económicos, políticos y culturales; comprendiéndose con el desarrollo transpersonal.

El instituto Juan Amos Comenio, es una Institución de Educación Básica, Media Superior y Superior, que contribuye a la formación de ciudadanos que sean capaces de interpretar y comprender científicamente su realidad, así como su entorno social, favoreciendo aprendizajes conscientes a través de un pensamiento creativo, innovador y reflexivo, con principios éticos y valores que favorezcan el sentido humano, social y natural.